определение

http://195.178.207.138/projects/newsite/lections_2008/docking2008.pdf

\bibitem{dock01} автор неизвестен (кто-то из ). 27 слайдов презентации "Молекулярный докинг, моделирование комплексов белок-лиганд, поиск ингибиторов цитохромов Р450 в химических базах данных" // пока не удалось установить лектора, но вероятнее всего он из ГУ НИИ БМХ РАМН 

SL01. Молекулярный докинг, моделирование комплексов белок-лиганд, поиск ингибиторов цитохромов Р450 в химических базах данных.

SL02. Молекулярный докинг (определение)
* Молекулярный докинг - процедура моделирования, формирующая множество гипотез о расположении и конформации молекул в комплексе, производящая их оценку и дискриминацию.
* Основные признаки:
1. В общем случае число молекул произвольное.
2. Парный докинг - докирование одной молекулы (лиганда) к другой (мишени).
3. Моделирование даёт только конечное состояние комплекса (ничего не известно о траектории образования комплекса).
4. В процессе работы формируется большое число промежуточных вариантов надмолекуляных структур (комплексов).
5. Выбор вариантов осуществляется произвольно.
6. Как правило процедура не даёт окончательного варианта структуры комплекса.

SL03. Молекулярный докинг (области применения)
1. Собственно моделирование конкретного комплекса.
2. Определение функциональных особенностей поверхности мишени (например: положение места связывания) и особенностей взаимодействия молекул в комплексе.
3. Поиск лигандов к конкретной мишени среди большого числа молекул (Обратная задача - исключить молекулу из списка возможных лигандов).
4. Создание не существующих ранее лигандов к конкретной мишени.
5. Получение естественного выравнивания лигандов.
Решение каждой из этих задач может быть получено без применения процедур докирования.

SL05. Молекулярный докинг (формальная классификация)
Основные классификационные признаки:
1. Ручной докинг (в основном используется автоматический докинг).
2. Жёсткий (rigid) докинг - конформация молекул в процессе процедуры остаётся неизменной, flexible - конформация может изменятся (наиболее часто за счёт вращения вокруг незаторможеных связей).
3. Фрагментарный докинг - в процессе процедуры молекула существует виртуально в виде отдельных характеристических фрагментов.
4. Применение решёток аппроксимации для описания молекул (как обоих, так и только мишени) - <решёточный> докинг.
5. Применение различных алгоритмов поиска: тотальный перебор вариантов, Монте-Карло, генетический алгоритм.
6. Применение различных математических абстракция, например, быстрое преобразование Фурье.
7. Применение различных вариантов расчёта оценочной функций.
8. Адаптация алгоритма для поиска лигандов в базах данных ("screening")

SL06. Докинг конформационно-подвижных молекул (flexible)
Различные конформации лиганда создаются до (либо в процессе) процедуры докирования
В результате докирования отбирается <лучшая конформация>


Comments