докинг или конф. анализ всё-таки

docking это докинг или конформационный анализ всё-таки?

При чтении статей [список внизу] возникает вопрос: почему классический конформационный анализ стали называть докингом? Рассмотрим суть и постараемся выяснить основные причины этого переименования.

Основная проблема состоит в том, что принципиально невозможно точно рассчитать пространственную структуру комплекса двух белков из-за существования гигантского числа локальных минимумов почти с одинаковой энергией, но с существенно отличающимися конформациями?

Так какое слово правильно использовать на русском языке вместо docking?
Докинг, позиционирование, стыковка, причаливание, захват, заякоривание, многоточечное взаимодействие или как-то ещё называть грубо приближенный расчет пространственной структуры молекул с очень большим числом внутренних степеней свободы - это дело вкуса и в значительной степени уровня научной и языковой культуры автора.

Выбор наиболее вероятной среди множества теоретических структур, полученных путем расчета энергии взаимодействия белков в комплексах, помогают сделать экспериментальные методы определения пространственной структуры, среди которых основными являются методы кристаллографии белков и спектроскопии ядерного магнитного резонанса (ЯМР). Совместное применение этих методов и есть суть подхода, который в англоязычной литературе назван docking. С нашей точки зрения такую интегрированную процедуру расчета и уточнения координат атомов в молекулярных комплексах правильнее называть позиционированием, стыковкой или перебором наиболее вероятных устойчивых конформаций больших гибких молекул, хотя в русскоязычных статьях встречается слово "докинг" и достаточно часто.

Конечно, суть проблемы далеко не в названии, а в правильности нахождения "работающей структуры" комплекса биомолекул. Причем при этом переборе устойчивых конформаций большую роль играют флуктуации конформаций белков, бифуркации (переходы между сильно отличающимися пространственной структурой состояниями) и спектры колебательных состояний. Причем перераспределение энергии колебательных мод (спектра нормальных колебаний) играет существенную роль при бифуркациях.

Очень давно уже были предложены: концепция дыбы, квазичастицы конформоны и прочие коллективные моды, но... эффективно работающего метода для описания гибкого ключа к гибкому замку так и не было предложено. Суть этой проблемы на пальцах такова. Сильно флуктуирующие пространственные структуры двух белков (или белка и субстрата) при столкновении в комплементарных конформациях кинетическую энергию колебательных мод или флуктуонов используют для преодоления барьеров перехода к более выгодному по энергии связанному состоянию. Пример подобного перехода очень красив для тубулинов в микротрубочках.


Заметки о лингвистических причинах.

Современный речевой примитивизм чаще всего связан с плохим пониманием проблемы и с кажущимся наукообразием. Конкретно в каждом их обнаруженных текстов удается обойтись без английской кальки «докинг». Слово «докирование» более подходит для определения докеров, которые неуверенной походкой «докируются» в свой док. Но зачем говорить о докинге белков, затуманивая отсутствие решения основной проблемы введением нового слова. Хотя проблема "пьяного матроса" в случайных блужданиях есть.

Для "ответа докинщикам" все цитаты будут собраны и проанализированы здесь

Для "докинщиков - бакенщиков" придется дать развернутые толкования. Где их размещать - пока не решил.

Comments